철도노조의 2006년 3·1파업에 대해 철도공사는 보복적인 노조탄압으로 일관했다. 파업 기간에도 정부와 철도공사는 철도노조 파업을 불법으로 몰아가고 압수수색, 파업 지도부 검거, 대량 직위해제, 파업 조합원들에 대한 무차별 연행 등의 무차별적인 탄압을 자행했다. 철도노조는 3월 4일 15시에 ‘총파업투쟁에서 현장투쟁으로 전환하라!!’을 투쟁지침 5호를 발령하고, 조합원들은 지구 및 지부별 결의대회 후 19시에 복귀했다. 철도공사는 고소고발 130여 명, 파업 참가 조합원 2,565명에 대한 직위해제를 유지하고 징계위를 열어 파업 가담자에 대한 징계를 진행하고자 했다. 특히 철도공사 이철 사장은 파업 참여조합원에게 직접 책임을 물어 징계함으로써 조합원들에게 경제적 심리적 타격을 입혀 철도노조를 아래로부터 와해시키려고 하였다.
지도부 대부분이 수배되었고, 정부와 철도공사의 전방위적인 탄압으로 철도현장의 분위기는 살벌했고, 투쟁의 열기는 급속도로 식어갔다. 조합원까지 대량징계하는 ‘피의 잔치’가 시작되려고 하였다. 교대근무 중에 파업에 들어갔다는 이유로 직위해제 당한 C조 조합원들에 대한 의리를 지키고자 하는 조합원 스스로의 자발적인 작업거부투쟁이 시작되었다. 결국 철도공사는 조합원 및 직위간부에 대한 직위해제를 풀었다. 작업거부투쟁은 철도노조의 지침이 아니라 차량지부 조합원이 스스로 결정하여 단행한 현장파업이다. 한 달여 기간의 투쟁 끝에 서울차량지부에서 시작된 작업거부투쟁은 차량 직종 전체파업으로 발전하였다. 타 직종과의 준법투쟁과 연계되어 여객열차뿐만 아니라 화물열차 운행도 파행되기 시작하였다. 철도노조에서는 3월 14일 3천 명의 조합원이 모인 결의대회 개최, 확대쟁의대책위원회에서 4월 재파업 결정, 3월 30~31일 1차 준법투쟁과 규정검수투쟁을 진행하였다. 차량 직종 전체파업과 타 직종들의 현장투쟁, 항의집회 등으로 인해 철도노조의 재파업이 임박한 상황이었다. 결국 철도공사는 서둘러서 노조와 단체협약을 체결할 수밖에 없었다.
철도노조의 3.1파업으로 시작된 투쟁은 3월 31일 정기단협에 잠정합의하고 1차로 마무리되었다. 징계 최소화를 합의했지만, 김영훈 노조 위원장은 구속수감되었고 철도공사는 징계위원회를 통해 파업 지도부 18명을 해고하고 160명을 정직·감봉 처분하면서 탄압을 멈추지 않았다. 2002년, 2003년 파업과 마찬가지로 직권중재 조항 등을 악용한 불법파업 공세, 노조 무력화를 위한 징계와 손해배상 공세는 반복되었고 이에 대한 철도노조의 대응도 장기화할 수밖에 없었다. 2007년 중앙노동위원회에서는 직위해제자 전원에게 ‘사유 및 절차에 있어서 부당한 직위해제’로 판결하여 원상회복을 명했고, 해고자 또한 부당해고로 인정되어 모두 복직되었다.