2005년 1월 1일에 한국철도공사가 공식 출범하게 되었다. 하지만 철도공사는 출범과 함께 10조 원에 달하는 막대한 부채를 떠안았다. 철도노조의 파업으로 3조2교대제가 도입되면서 일정한 인력이 늘어났지만, 정부와 철도공사는 공사 조직 축소와 고용 규모의 감축으로 인력 구조조정을 상시화했다. 이에 노무현 정부는 2005년 12월에 ‘철도산업발전 기본계획’을 발표하고, 철도공사의 조직과 경영 혁신을 통한 생산성 제고를 내걸고 철도 상업화 정책을 확산시키고자 했다.
철도공사의 내부 구조 개편과 관련해 조직 개편을 단행해 17개 ‘기업형 지사체제’로 분할․통합해 상업적 운영을 도모하였다. 또, 결재라인의 축소, 팀제의 도입, 외부전문가 영입, 정책 실명제 도입, 계약과정의 공개 등으로 성과주의 평가시스템을 도입했다. 그리고 2005년에 기존의 직급체계를 6단계로 통합했으며, 2006년에는 2급 이상의 직원, 2008년에는 전문직과 3급 본사 및 지사 근무자에게 성과에 기반을 둔 연봉제를 적용하며 경쟁과 성과 중심의 조직운영을 도모했다.
2005년 철도공사는 ‘경영개선기본계획(2005∼2009)’을 발표하고 공사의 소수정예화·외부화를 천명했다. 이는 업무의 외주위탁, 정직원의 간부화, 주변 업무의 우선적 외주위탁, 핵심 업무의 관리․감독기능 강화, 전략적 주변업무의 자회사화로 정리된다. 이에 따라 주변 사업에 대한 외주위탁 및 감축 경영이 시행되었다. 또, 통합정보체계 구축과 인사제도의 변화를 위해 추진해온 ERP 사업이 완료되어 2007년에 KOVIS 시스템을 본격적으로 가동하였고, 이를 기반으로 신인사제도(능력주의 인사 제도)의 도입을 추진하였다. 또한 수익 개선을 위한 조치로 공공요금 할인에 대한 축소를 단행했다. 또한 2006년부터는 부채부담을 해소하겠다며 ‘용산역세권 개발’에 본격적으로 착수하기도 했다. 그밖에 공사는 선로 사용료의 면제와 정부 역할의 법제화 및 부대 사업의 법제도 개정을 요구하였고 정부는 고속철도 운영부채 이자 지원과 일반철도 선로사용료 지원 확대, 고속철도 건설비 국고 지원율 인상, 시설 자동화·현대화 투자 지원 등의 방안을 내놓았다. 하지만 PSO 보전 등은 기존보다 축소되어 실질적인 지원 효과가 적었고, 건설부채와 운영부채 10조원에 대한 근본적인 해결 방안이 되지 못한 채 기존의 악화된 적자구조를 일부 완화시키는 수준에 머물렀다.
