김대중 정부는 IMF 외환 위기 극복이라는 미명하에 정부 자산의 매각, ‘공기업 민영화’를 적극 추진했는데 대표적으로 추진된 것이 철도 민영화였다. 1999년 정부가 발주한 ‘철도구조개혁 실행 방안 개발 용역’이 착수됐고, 2001년에는 보고서를 바탕으로 철도산업 구조개혁 기본계획과 법 개정안 등이 도출됐다. 당시 정부는 철도 시설부문과 운영부문(철도 운송)을 ‘상하 분리’하되, 철도 시설부문은 공단화하고, 운영부문은 일단 공기업(정부 출자)으로 전환 뒤, 점차 복수의 민간기업에 정부 소유 지분을 넘겨 민영화하려는 계획을 수립했다. 이러한 단계별 실행 계획을 통해 민간철도 운영회사가 설립되면, 시설 유지 보수 업무는 철도시설공단(국가철도공단의 전신)이 민간철도 운영회사에 위탁하는 방안이었다. 그러나 이 같은 철도산업구조개혁 관련 법 개정은 민영화 저지를 위한 철도노조의 총파업과 여론의 반대에 부딪혀 좌절됐다.
이후 2003년에 출범한 노무현 정부는 철도산업 구조개혁을 연이어 추진했는데, 상하 분리는 추진하되, 운영 부문의 민영화 계획을 철회하고, 이를 공기업화(철도공사)하기로 결정했다. 김대중 정부의 계획과 비교해 철도청의 운영부문을 공기업 형태로 전환하는 것은 동일하나, 차후에 이를 민간에 매각하는 계획은 수정된 것이다. 이 과정에서 하부구조(기반 시설)의 건설이 아닌 유지보수 업무를 철도공사가 수행하는 문제를 두고 철도노조의 총파업이 예고됐고 ‘4.20 노정 합의’를 거쳐 정리됐다. 그러나 정부는 노정 합의 사항이었던 ‘철도노조와의 충분한 사전 논의’를 어기고 ‘유지 보수 기능의 분리’를 법 개정을 통해 일방적으로 추진했고 철도노조의 6.28 파업을 불러일으켰다.